A abertura ao mar da Lagoa de Santo André é feita uma vez por ano, no mês de março, para melhorar a qualidade da água e permitir a entrada de alevins de diversas espécies marinhas, como o robalo, e também de enguia (meixão), assim como a saída de enguias prateadas que se deslocam para o Mar dos Sargaços para se reproduzirem.
Este ano, devido a constrangimentos conhecidos, designadamente decorrentes da pandemia de COVID 19, a abertura anual prevista da lagoa não reuniu condições para se realizar na data estabelecida para aquele evento.
A abertura da Lagoa estava programada para meados de março, mas a situação de Estado de Emergência devido à pandemia por Covid-19 levou à suspensão da abertura ao mar. O presidente da Câmara de Santiago do Cacém, Álvaro Beijinha explicou então que “a Agência Portuguesa do Ambiente (APA) para realizar a abertura necessita do parecer do Instituto de Conservação da Natureza e da Floresta (ICNF), que é vinculativo. Quando foi solicitado ao ICNF pronunciar-se sobre a nova data esta entidade emitiu um parecer desfavorável, evocando que a abertura da Lagoa neste período iria afetar a nidificação de uma espécie de aves. Acrescentando, a entidade, que os malefícios provocados pela abertura da Lagoa, a essa espécie, seriam superiores aos benefícios que esta operação traz à Lagoa de Santo André todos os anos. O autarca discordou e lembrou das consequências que esta decisão pode vir a ter nas vidas dos pescadores, das suas famílias e para a economia local vila alentejana, uma vez que muitos vivem ainda da pesca
O Ministério do Ambiente veio agora esclarecer taxativamente que pela entrada na primavera, as espécies de aves que ocorrem na Lagoa iniciaram o seu período de nidificação e reprodução, "tendo já sido identificados pelo menos 60 ninhos de espécies de aves dependentes do plano de água, com algumas espécies prioritárias e identificadas no anexo A-I do Decreto-Lei 140/99, de 24 de abril, alterado e republicado pelo Decreto-Lei 49/2005, de 24 de fevereiro – regime Jurídico aplicável aos Habitats Naturais e á Fauna e Flora Selvagens".
O Ministério explica também que para as aves aquáticas nidificantes na Lagoa de Santo André é essencial que a abertura ocorra no máximo até à primeira quinzena de março, ou mesmo antes, uma vez que a abertura mais tardia, já em período de nidificação, tem como consequência deixar os ninhos a seco e ao alcance de predadores. "A situação em concreto causaria prejuízos irreparáveis para as aves selvagens que ocorrem naquele espaço natural, promovendo a alteração significativa do habitat de suporte á sua reprodução, o que contraria a legislação nacional e comunitária em vigor, pelo não se mostrava possível a sua realização", concluindo que devido à necessidade de compatibilizar os interesses da "preservação das espécies e habitats e relevando a importância da abertura da lagoa para as comunidades locais, foi acordado entre o ICNF e a APA que se promoverá a abertura da Lagoa logo que tal ação não prejudique significativamente o processo reprodutivo das aves selvagens, o que se prevê ocorrer em função da maré, na primeira quinzena de junho".
