A modernização e eletrificação do troço Casa Branca–Beja, com 63,5 quilómetros, deverá arrancar entre o final de 2026 e o início de 2027, implicando o encerramento total da Linha do Alentejo por cerca de 21 meses. O investimento está orçamentado em 300 milhões de euros — mais do triplo dos 94 milhões previstos num estudo preliminar de 2015.
A obra vai modernizar significativamente a infraestrutura, elevando a velocidade máxima dos comboios de passageiros dos 140 para os 200 km/h e permitindo uma viagem entre Lisboa e Beja em menos de duas horas, sem necessidade do atual transbordo para material diesel em Casa Branca. O Ministério das Infraestruturas justifica o encerramento total como "a melhor solução do ponto de vista técnico, económico e do serviço de transportes públicos", com serviços rodoviários alternativos a assegurar a mobilidade durante as obras.
O ponto mais contestado do projeto é a ausência de ligação ferroviária ao Aeroporto de Beja. Apesar de estudos existirem há anos — com custos estimados entre 20 e 26 milhões de euros para um ramal de 12,8 a 17 quilómetros —, a ligação não foi incluída no projeto de modernização. O secretário de Estado das Infraestruturas, Hugo Espírito Santo, não fechou definitivamente a porta à ligação, enquadrando-a no contexto da mobilidade militar europeia e do corredor estratégico que inclui a Base Aérea n.º 11 (BA11) de Beja.
Também o troço Beja–Funcheira, desativado há vários anos, ficou de fora do projeto atual. O Governo admite que poderá integrar uma futura ligação de alta velocidade ao Algarve, tendo já solicitado à Infraestruturas de Portugal a realização de um estudo prévio para a sua modernização.
A Comissão de Utentes em Defesa da Linha do Alentejo lançou entretanto uma petição pública sob o lema "O Alentejo não é o fim da linha", exigindo mais comboios, eletrificação, modernização do material circulante e ligação ao aeroporto de Beja. A obra de modernização, inscrita no Programa Nacional de Investimentos para 2030 (PNI 2030), acumula décadas de atrasos e não deverá estar concluída antes de 2032.
