O Jacinto-de-Água, uma praga mundial que ameaça rios um pouco por toda a parte, originária da bacia do Amazonas, Brasil, está propagada pelo Guadiana e parece capaz de atingir a barragem de Alqueva. É a propria Empresa de Desenvolvimento e Infraestruturas do Alqueva (EDIA) que a declara "preocupante e uma ameaça, pois trata-se de uma espécie exótica invasora com elevada capacidade de propagação e consequentemente com elevada capacidade de degradação da qualidade da água".